本文目录一览：

• 1、比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1
• 2、生信类文章可以投哪些期刊?
• 3、如何高效地从BAM文件中提取fastq
• 4、家蚕基因组学国家重点实验室(西南大学)的成果展示
• 5、国际会士是什么意思
• 6、还在做SNP-GWAS?来看看SV-GWAS吧!

比对算法总结(二)——基于BWT索引结构的比对算法-Bowite1

1、Bowite 没有完全使用该算法，因为该算法不允许错配，不能比对含有测序错误和变异的reads。

2、CHIP-seq： BowtieBWA用的比较多 RNA-seq： Tophat、Bsmap 甲基化：BS-seeker global---NW local--SW 好处是能够穷举出所有的比对情况，所以可以选择全局最优的结果；最大的缺点是比对的非常慢。

3、BWT算法在多款序列比对软件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么对于RNA-seq的2代数据，一般建库长度是单端300bp，双端各150bp左右。

生信类文章可以投哪些期刊?

在2022年，可以考虑投稿以下生物信息学相关的期刊：《Epigenomics》。这是一家由英国Future Medicine Ltd出版社出版的半月刊，未列入中科院预警名单，颇具影响力。《Journal of Molecular Neuroscience》。

NatureBiotechnology（自然生物技术）：这是一本专注于生物技术领域的顶级期刊，涵盖了广泛的研究领域，包括基因组学、蛋白质组学和代谢组学等。该杂志鼓励干湿结合的研究方法，以解决生物学中的重要问题。

第二梯队：Genome Biology， 比较新的杂志，近几年有一些不错的文章。Nature Communication， 非常新的杂志，基本上每期都会有一些生信类的文章。感觉影响因子在不断上涨，顶着Nature的头衔自然不会缺少好文章。

对于几年前烂大街的纯生信分析套路来说，也不一定会被秒拒， 关键看你选择的期刊，就看你能不能找到还缺纯生信文章的期刊（纯生信流量非常小的）。

近年来越来越多的人对生物信息学感兴趣，因为它不需要任何实验就可以发 SCI，仅依靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文，一般纯生信或补充点相关实验大多是发1-5分文章。

如何高效地从BAM文件中提取fastq

可以通过如下命令检查是否安装成功 假如你原来的BAM文件是双端测序，想提取成两个文件，那么可以用如下命令。 注 ：这里的your.bam 指的是你实际BAM文件 此外，bazam还支持使用 -L 指定区间来提取某个区间的数据。

通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。

-f overwrite the output BAM if exist 强制覆盖同名输出文件； -h FILE copy the header in FILE to out.bam [inbam]。 指定FILE内的’@’头复制到输出bam文件中并替换输出文件的文件头。

Usage： samtools faidx in.bam [ [...]] 对基因组文件建立索引，方便提取序列。

家蚕基因组学国家重点实验室(西南大学)的成果展示

1、实验室近年承担国家“973”、“863”、“948”、“111”、农业部公益性行业科研专项、国家自然科学基金及国际科技合作项目等100余项，年均科研经费超过1500万元。

2、耐除草剂基因转入植物的基因组：将苏云金芽孢杆菌（Bt）的基因转入棉花、玉米、水稻等植物中，使之抗虫；将耐除草剂的EPSPS基因等转入大豆等作物中，使之抗除草剂。

3、侯勇， 博士，西南大学生物技术学院副教授。生物化学与分子生物学专业，主要从事家蚕蛋白质组学研究。利用双向电泳、 DIGE、质量飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）等研究技术，结合家蚕基因组数据成功开展了家蚕蛋白质组学研究工作。

4、但是，纯丝素蛋白材料的力学性能等尚未达到实用性的要求，而改性的研究是一种良好的途径。

5、年西南大学王牌专业是蚕学。西南大学蚕学专业依托生物技术学院招收培养重点本科学生，授予农学学士学位。该专业是农业部原重点学科，2002年至今是国家重点学科，进入本世纪后相继成为国家教育部特色专业和重庆市特色专业。

6、实验室以家蚕基因组生物系统研究为核心，通过开展“家蚕基因组和功能基因组学”、“蚕桑资源与实验生物系统”、“生物技术与遗传改良”等3个方向的研究，引领家蚕模式生物化和蚕桑产业改造升级，推动战略性新兴生物产业发展。

国际会士是什么意思

ISI的会士（Fellow）是该组织的高级会员，ISI的会员（Member）则是该组织的普通会员。ISI会士的评选标准是：对数理统计学领域的重要贡献、国际学术声誉和领导力。ISI会员的评选标准是：对数理统计学领域的兴趣和贡献。

会士的意思有两种： 由一般教徒组成的许多兄弟会会员，他们须作苦修和善行，这类兄弟会盛行于十三至十六世纪，通常以会员所穿会服命名。

最高层次。国际先进材料学会会士是国际先进材料领域最高荣誉，是国际先进材料学会授予在材料科学、工程和技术领域做出独创且开展重要研究的科研人员或科学家。

国际欧亚科学院院士、美国昆虫学会会士、美国内布拉斯加大学荣誉科学博士，国际生态基因学研究的主要领衔科学家。现任河北大学校长、中国科学院北京生命科学研究院院长。

Fellow是英语单词，意为“同事”，“会士”，“成员”，“伙伴”等。Fellow在职场和教育领域中的含义 在职场和教育领域，fellow通常指一种资深职员或者研究员身份。

还在做SNP-GWAS?来看看SV-GWAS吧!

并对SNP-GWAS和SV-GWAS的分析结果进行比较，基于SV-GWAS结果发现了一个新的位于4号染色体上的显著相关的区域，在这个区域内的位点呈连续分布，推测该区域可能与玉米的含油量性状相关。

可以说，有一定的科研价值，但几乎没有你要的能与GWAS比肩的病因学（etiology）价值。

正常人都是有22对常染色体加XY性染色体。 基因组 是指生物体所携带的一套完整的 单倍体序列 ，也就是22条+X+Y。每个染色体包括全套基因和间隔序列。他们由A、T、C、G碱基组成，总共长度大约是30亿个碱基。

那么大家有没有好奇在GWAS中P值是如何一步步计算出来的？为了更好理解P值，在这里给大家讲一下P值的计算过程。

通过对这674份材料进行SNP-GWAS和基于图形基因组的SV-GWAS分析，在6号染色体上发现了一个基因位点（含两个SV）与叶片早衰显著相关，但该位点未能根据SNP数据鉴定出来。